Ad aprile 2017, il Napoli si assicurò i tre i punti a San Siro dopo una vittoria per 1-0 contro l'Inter. Un clamoroso errore di Nagatomo collocò Callejon da solo di fronte ad Handanovic.
L'attaccante spagnolo, che potrebbe cambiare maglia a parametro zero in estate, segnò l'unico goal della partita poco prima dell'intervallo.